Pembagian wilayah Desa Fajar Baru dibagi menjadi 2 (Dua) Dusun, dan masing-masing Dusun ada pembagian wilayah Dusun I terdiri dari 9 RT, Dusun II 11 RT.jadi setiap Dusun mempunyai wilayah pertanian dan perkebunan, sementara pusat Desa berada di Dusun II setiap Dusun dipimpin oleh seorang Kepala Dusun.